La Junta de Cofradías fue creada en 1946. Después de algunos años de letargo, resurge con fuerza en 1979, como Consejo Institucional, con sus propios estatutos y con plena personalidad y capacidad para promover la coordinación, representatividad y participación de las Hermandades y Cofradías de la Ciudad de Mérida. Desde el 2007 ya no existe como tal, pasándose a llamar Junta Local de Cofradías.

Se contemplan en sus estatutos la organización de una procesión llamada del Silencio, que se desarrolla en la madrugada del Jueves Santo, llevando en procesión un Cristo Crucificado, estilo gótico de finales del siglo XV, que ,saliendo de la Concatedral de Santa María, donde está canónicamente erigida, hace Estación de Penitencia y un Vía Crucis en el Anfiteatro Romano, regresando posteriormente de nuevo a la Concatedral.

En esta procesión pueden participar los Hermanos de todas las cofradías y todas las personas que lo deseen.

Van revestidos con una túnica de color negro, con verduguillo del mismo color cubriendo el rostro, llevando al frente sobre el pecho el emblema, que consiste en el escudo de la Ciudad de Mérida, rodeado por los emblemas de todas las cofradías en sus coloras, sobre un círculo de color rojo. Cíngulo de cáñamo, calcetines, zapatos y guantes negros.